1644 年4 月初，李自成叛軍橫掃山西北部，直搗明朝首都北京，北方局勢一片混亂，險象環生，結局難以逆料。消息傳到陪都南京，官員們愈益感到擔心。4 月12 日，北京的崇禎帝徵調所有能來勤王的軍隊開赴北京，並特別命令山東總兵劉澤清前來救援。但是劉澤清置此命令於不顧，卻向南開拔。而在長江流域的其他將領則從未接到北上的命令。反正這些人也沒有準備北上。雖然前幾年在南直隸的西南部曾擊退過“流寇”的侵犯，但是該地區現在除了長江和南京的駐防軍外，並沒有大量的常備軍。而且陪都百官有理由相信，太子，甚或皇帝本人可能過不久就會前來南京，因此，長江下游的所有軍隊就地做好準備是十分重要的。長江中游的洞庭、鄱陽湖區域的明軍，雖然數量眾多，但因張獻忠部叛軍剛撤出湖廣省，此時他們正忙於恢復對該省的控制。而且他們畢竟離得太遠了。可能有所行動的軍隊都在南直隸的淮河以北地區，由於受到李自成大順政權軍隊的壓力，此刻也已陷入混亂之中。這些部隊為兵士的叛變、逃跑及怯懦所困擾，寧願到淮河以南避難，也不願到北京勤王。
4 月24 日午夜後不久，叛軍擊破廣寧門（今廣安門）而湧進北京，翌日攻入紫禁城，崇禎帝在內廷北首的煤山投繯自盡。但是直至5 月5 日，明朝的淮安巡撫才得知北京陷落的消息，而淮安城內，“聞京城失守，眾疑信相半”。次日，消息傳到南都，南京兵部尚書、參贊機務史可法，立即會晤其他高級同僚，發佈檄文，着手集合勤王軍隊。但是他們隨即便不得不考慮：要把這支軍隊帶入何種境地？南方局勢不穩，北方情況亦未明朗。舉例來説，他們要“勤”的“王”，究竟現在哪裏？史可法渡過長江，在浦口防區着手準備迎敵，但除此之外，就無事可幹了。有些人已在南方“草澤”組織義軍，也被下令制止。
南中諸大老每集議事堂，惟相向攢眉，竟日無一語。或仰視屋之罘崽，咄嗟而已。問曰：“事如不可知，將奈何？”競以靴尖蹴地，作歎息聲，各各散走。
5 月15 日，崇禎帝駕崩的確實消息傳到淮安。又經三天才傳到南京。這一消息使南都領袖人物大感震驚。南京的高官們意識到，必須組織新朝廷。他們着手應付這種動盪局面之際，必須增強團結合作，和衷共濟。不論在象徵意義上還是在實際意義上，都應有這樣的表示。但是隨後發生的卻是統治集團內部的自相殘殺。在南京建立第一個南明朝廷的官員，設法使不滿分子安心，尤其急於安撫軍隊。這原是順理成章的事。在此危急之秋，軍隊實力確需增強。但是軍隊得寸進尺，走得太遠，官僚系統和南方士人中最有威望的領導人物對此不能接受。武人要擴大權力，就須尋求支持，於是相互結黨，並拉攏那些受整個官僚系統，尤其是受“正人”排擠的`不滿分子。急於和武人結盟的，是宗藩、宦官，還有那些因東林、復社得勢而仕途受挫的官員，尤其是因17年前魏忠賢倒台而被逐出政府並被貶為“閹黨”的那些人。這些人結合在一起，手段粗魯，立刻引起了“清流”領袖人物的反對。於是妥協精神終止了，一場為權力與原則而戰的決鬥開始了。“清流”逐漸失勢，甚至頗孚眾望的温和派在政爭中也無法立足。於是南京朝廷幾乎沒有了有眼光的政治家，也喪失了民眾的支持。那些在這場衝突中獲“勝”的人認為，他們過去受了屈，被剝奪了權力和影響力，現在終於重新獲得這些了。但是為此所付出的代價是戰勝者和權力一起毀掉了。受到“清流”的猛烈抨擊、處於招架地位的得勢一派的首領，為了固位，採取了短視的政策，其惡果連他自己到後來也無法控制。他的集團四面楚歌，草木皆兵，雖與皇帝聯合在一起，也統治不下去了。傳統的南明史著作集中於幾個主要人物——英雄與壞蛋，殉難者與賣國賊。即將出現的篇章也會對此作一些讚揚和譴責。但是這些個人都應該放在某種政治力量造成的局勢中去觀察，那個局勢似乎有它自己的某種動力。
選擇新皇帝的時候，黨爭即已開始，而且勢頭不弱。在南方几個藩王中，準備得最充分、和皇帝血統最近的是福王（朱由崧），他與東林黨有夙仇。而且，他又落入了最有實力的武人之手。幾十年前，東林黨擁護萬曆帝的長子，不讓他寵愛的鄭貴妃所生之子立為太子，這位鄭貴妃之子正是當今福王之父。由此案醖釀而成的黨爭使官僚們時時面臨動盪，持續三朝（萬曆[1573—1619]、泰昌[1620]、天啟[1621—1627]）引起激烈爭執的各大案，在某種程度上以1629 年東林黨暫居上風而告一段落。即使這些爭執對於居住在河南富饒的皇莊內的當今福王及其先父沒有影響或沒有關係，不同成分的官僚仍然或指望或畏懼這些事件在福王治下會重新評價。
有鑑於此，某些騎牆意見便以為，北京陷落之前，崇禎帝的太子及兩名幼子還在城內，至今生死未卜。若是某一藩王即了位，而太子隨後出現，要求登上大寶，那該怎麼辦？所以應暫緩立新君。又有人援引“立賢不立長”之義，主張立潞王（朱常淓）。潞王此時已自北方的王莊逃出，到了南直隸。即使一般人以為，潞王只是粗涉文學，雅好古玩，而且“指甲長可六七寸，以竹管護之”，不過他和那位以好色、無知與不負責任著稱的福王相比，還是有賢明之譽。但知道那些親王底細的人畢竟很少，即使在高級官員中也是如此。多數人以為，選誰都沒有關係。同時人們迫切希望有某位藩王立刻登上大位，以穩定南方；而在政治
人物中則有一種自私的打算，即希望自己被看作那名藩王的一貫支持者，而不論那藩王是誰。於是在崇禎帝死訊傳到南京數天之後，南直隸的文武要員之中就開始了幕後磋商，為官職而討價還價，並且注意掩蓋蹤跡，不使馬腳外露。
然而消息傳來，福王已在淮上受到保護，支持他登上大位的是東南防衞所賴的北直隸將領，於是擁戴福王的看法便迅速形成一致。有兩人加入這個軍閥聯盟比較晚，卻成了它的領袖，一個是前面提到的總兵劉澤清，另一個則是鳳陽總督馬士英。二人都有理由反對文官集團中的主流派，希望自己的地位因“清流”受抑制而得到加強。在南京，一些軍功貴族以及其他政治投機分子也隨聲附和。當百官聚集，行禮如儀，嚮明朝列祖列宗稟告以福王承繼大位時，爆發了一場令人不堪的爭鬥。一些顯要文臣被指為阻撓擇嗣，高級勛貴操江提督誠意伯劉孔昭甚至拔出佩劍，向敢言的翰林院掌院學士姜曰廣砍去。新朝廷建立過程的隨後
各個階段，類似的文武衝突一直不斷。江北的武臣集合了一支大軍，送福王沿大運河南下。6 月3 日，福王衣冠不整，乘船抵達南京東北一個主要碼頭。次日，南京的高等文臣與勛貴禮迎福王。福王自慚形穢，拒絕即皇帝位，訴説自己備受困苦，不克荷此重任。不過到了6 月5 日，他已在全副朝廷儀仗簇擁之下，經過高皇帝孝陵進入了南京的皇宮。百姓站立路旁，觀瞻儀式，陳列香花寶燭，心情振奮，如同節慶來臨。
但是，當福王在其守備衙門的臨時住所第二次接受百官朝賀勸進時，靈璧侯湯國祚大聲指責户部不發軍餉，把朝儀都打斷了，攝禮部尚書呂大器立即予以制止。豈知當討論到福王應直接即皇帝位，還是在局勢明朗之前暫做監國時，勛貴們再次咆哮起來。多數廷臣贊成監國，待逾月後再入繼大統。但是劉孔昭等人要求直接即位。他們一直對主張暫緩登極的諸文臣的反對意見表示懷疑，指責這些文臣“原有二心”。與此同時，考慮新朝廷大學士和尚書侍郎人選之事也開始了。文臣們為了安撫不知饜足的軍閥，破例允許勛貴也參加通常薦舉朝廷要職的廷推。劉孔昭提名自己為大學士，使聚集廟堂的羣臣大吃一驚。朝臣們告訴他，以勛臣為大學士，無前例可循，於是他提議以馬士英來替代。
6月6日，福王同意即監國位。他起先聲稱，只想“避難浙東”，無意入居帝位。這可能是出於真心，但是經羣臣依例三次“勸進”之後，他終於同意了，在次日正式行監國禮。僅僅半個月之後（6 月19 日），便即了皇帝位，以弘光為年號。監國和即位所頒兩次詔書，可説是一張一覽表，列舉了醫治晚明社會政治的弊病，以及紓解社會各階層人民痛苦的各種辦法。由此可知，當日的政治領袖實際上明瞭種種問題，並未耗費全副精神於蠅營狗苟的黨爭之中。但是，官僚系統內部以及政權核心其他成員之間的黨爭實具有瓦解性的作用，若不能予以扭轉，消除各種弊病談何容易。
學問齋